您在公司上班，因老婆生孩子请假被公司扣了工资，这种情况公司的做法是违法的。
以下是不同情况的详细解释：
1. 如果公司已为您的妻子缴纳生育保险：根据规定，您妻子产假期间的生育津贴由生育保险基金按照用人单位上年度职工月平均工资的标准支付，公司不应再扣发工资。
2. 如果公司未为您的妻子缴纳生育保险：则由公司按照您妻子产假前工资的标准支付产假工资，公司扣发工资的行为没有法律依据。
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您妻子在公司上班因生孩子请假被公司扣工资，处理时还需考虑一些特殊情况或例外情形：
1. 公司因经营困难暂时无法支付：若公司确实存在经营困难，暂时无法支付产假工资，双方可以协商分期支付或延期支付，但公司仍需承担支付义务，不能以此为由完全扣发工资。这种情况下，您妻子可以与公司签订书面协议，明确支付时间和方式。
2. 女职工未按规定申请产假：如果您妻子未按公司规定的程序申请产假，比如未提前提交产假证明等，公司可能会以此为由扣工资。但即使存在程序上的瑕疵，公司也不能完全扣发产假工资，应在指出问题后要求女职工补正，而不是直接扣工资。

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